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      IPA(Ingenuity Pathway Analysis)2017夏季更新

      2017-08-10 00:00:00 來源:源資科技市場部

      新聞摘要:IPA作為分子網絡挖掘的平臺式軟件,每年有四次更新,不斷完善軟件的功能,為研究人員提供完善的,個性化的,易用的生物信息分析解決方案。本次更新,主要為IsoProfiler模塊添加了人類組織相關的數據挖掘功能。

         IPA作為分子網絡挖掘的平臺式軟件,每年有四次更新,不斷完善軟件的功能,為研究人員提供完善的,個性化的,易用的生物信息分析解決方案。本次更新,主要為IsoProfiler模塊添加了人類組織相關的數據挖掘功能。

         本次于2017年6月30日更新:IsoProfiler添加了人類組織生物學背景

         本次更新使Isoprofiler能夠訪問GTEx組織表達數據,使您能夠在從51個不同的人體組織RNA序列表達數據中無縫地探索表達譜數據??梢蕴接懸韵聠栴}:
             從實驗數據集得到的差異表達的轉錄本是否只在一個幾個特定組織中表達?例如,它會不會可能是在一個特定的組織中的藥物作用靶標?
             該基因在同一個組織中會不會有其他的轉錄本表達?
             在實驗數據及中有哪些轉錄本在肝臟中或是其他組織中中是特異表達的?
             在實驗數據集中,轉錄本的組織富集結果如何?是否僅富集在一種或幾種組織內?
             對于在實驗數據集中一個給定的基因,在特定組織中,哪些轉錄本是高表達的,哪些是低表達的?

         GTEx內部的數據是采用OmicSoft(QIAGEN子公司)對原始FASTQ文件進行處理后,再由IPA團隊采用Ensembl 88和RefSeq 80基因模型進行進一步處理,得到每個轉錄在各組織中的FPKM中位值。這些數據隨后被導入到IsoProfiler,計算組織富集評分。因此,根據這個數據,Isoprofiler可以過濾你的RNA-Seq數據集并且獲得轉錄本的組織富集度(詳見Isoprofiler幫助)。

         圖1顯示了一個Isoprofiler窗口的部分內容:揭示了肝癌RNA-Seq數據集中通過“來源于數據集中”、“肝臟富集”、“蛋白質編碼”、“與肝細胞癌相關(基于Ingenuity Knowledge Base)”等過濾條件得到了一系列基因信息:

      圖1:包括新的GTEx人體組織表達數據的Isoprofiler模塊。圖上顯示從肝細胞癌數據集的過濾出一個基因子集的結果,可在IPA實例分析數據文件夾中找到(題為“HCC EM pool Tumor vs_ Normal 2016-09-30”)。Isoprofiler過濾器被設置為保留所有至少有一個轉錄本在肝臟中富集的所有基因,并且能夠編碼一個蛋白質,并且根據Ingenuity Knowledge Base與肝細胞癌相關的基因。在肝臟中的表達(基于GTEx)表示在列“肝(FPKM)”中,并FPKM值被認為在肝組織富集的基因用黃色高亮和粗體表示。在Isoprofiler幫助中,能看到IPA在組織富集的定義細節和如何使用這一更新。

         圖二:您可以容易查看以線性圖表示的選定基因的所轉錄本的表達。點擊表達值為黃色高亮的FGL1-204基因表格的“3 tissues”鏈接,就能看到該基因在肝臟組織中高度富集,其表達值是其在其他51個組織的中位值的9000倍以上。

      圖2:GTEx人體組織的基因表達數據FGL1。在IsoProfiler的FGL1基因線圖表明,fgl1-204亞型在肝臟中的表達比其他任何51個組織的表達高多了。X軸上列出的每個組織每個轉錄本在樣本集的平均FPKM。

      這個過濾結果表明FGL1(FGL1-204)可能是一個相關的生物標志物:它編碼的蛋白與HCC相關特異的在肝臟中高表達。內含GTEx的Isoprofiler是一個獨特的工具,能夠針對RNA-Seq數據在轉錄水平進行創新性研究。


      注:具備Isoprofiler模塊只能在IPA高級分析模塊下運行。


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